在正常的环境条件下，在禽类肠道中存在着多种微生物菌群。一般来说，首先建立的微生物类别，就是那些能够最终定值并能在禽类整个饲养阶段持续存在的那些微生物菌群。因此，我们在使用有益微生物的时候，禽类胃肠道必须提供适合有益微生物生存的环境条件。这些条件包括适宜的温度、恒定的养分和必要的液体。有益微生物才能在肠道中很好的生存和繁殖，禽类则从这些微生物菌群中得到益处。所以，及早使用有益微生物，使其优先在禽的胃肠道中定居生存意义重大。
  一般情况下，有两类不同的菌群能在禽类胃肠道中定植。一类是与上皮细胞有密切关系的菌群，如嗜酸性乳酸杆菌。另一类类是游离于肠腔的菌群，如粪链球菌。这些肠腔细菌繁殖速度很快，最终被肠道吸收和排出。
  在饲养过程中，在饲料中添加有益微生物制剂，它们在肠道中仅仅是随所采食的食物进入而暂居。这些微生物只是通过消化道而不定植，最终在消化道中死亡被胃肠道吸收。
  健康禽类肠道中的微生物分前肠( 嗉囊和小肠)微生物与后肠(盲肠)微生物，一般前肠细菌以耐氧的革兰氏阳性菌为主，而后肠是厌氧微生物。前肠微生物菌群产生大量的乳酸，而后肠的多种微生物菌群主要产生挥发性脂肪酸，包括乙酸、丙酸和丁酸。这些有机酸可有效抑制革兰氏阴性病原菌。